@Antoine Mercier-Linteau, j'ai remarqué qu'il y avait un espace automatique dans le modèle à la fin. Normal ? C'est un peu tannant, parce que si je veux qu'il y ait une virgule juste après le modèle pour l'inclure dans une énumération, ça ressemble à ceci « Symptôme 1 , Symptôme 2 , etc. » plutôt que ceci « Symptôme 1, Symptôme 2, etc. ». Détail, mais ça gosse !
Discussion modèle:Symptôme
C'est un bogue que je ne parviens pas à régler. Si tu passes par le champ affichage, l'espace ne paraîtra pas.
Ça gosse... Merci pour l'info !
Je vais laisser le billet ouvert. C'est important de régler ce bogue. Sinon, ça va faire tout plein d'erreurs d'espacement dans les articles et ça va être pénible à corriger par la suite.
@Michaël St-Gelais, j'ai ajouté les paramètres épidémiologiques suivants:
- sensibilité
- spécificité
- positive likelihood ratio
- negative likelihood ratio
- VPP
- VPN
Dans la page sur la Diverticulose:
La plupart des personnes atteintes de diverticulose sont asymptomatique (70-80%)
Le pourcentage semble être une prévalence. Mais on s'est posé la même question pour les Observation weight de Doknosis et l'on dit là que c'est une VPP.
Par la suite, j'ai douté et j'en suis arrivé à la conclusion que c'est une sensibilité.
Je suis confus... peut-être que ce tableau peut nous aider?
On pourrait aussi demander de l'aide sur Wikimedica.communauté. Il y a possiblement des gens calés en épidémio.
| Patients avec un cancer du colon (tel que confirmé par la coloscopie) | Prévalence = 30 / 2000 + 30 = 1.5% | |||
|---|---|---|---|---|
| Malades = 30 | Non malades = 2000 | |||
| Recherche de sang occulte dans les selles
(examen diagnostique) |
Résultat positif | VP = 20 | FP = 180 | VPP = VP / (VP + FP) = 20 / (20 + 180) = 10% |
| Résultat négatif | FN = 10 | VN = 1820 | VPN = VN / (VN + FN) = 1820 / (10 + 1820) = 99.5% | |
Sensibilité = VP / (VP + FN) = 20 / (20 + 10) = 67% |
Spécificité = VN / (VN+FP) = 1820 / (180 + 1820) = 91% |
|||
La sensibilité et la spécificité sont des caractéristiques intrinsèques au test évalué et ne changent pas. Par contre, si l'on augmente la prévalence du cancer du colon dans la population, la VPP augmentera et la VPN diminuera car le nombre de faux positifs et de vrais négatifs vont diminuer.[2]
- ↑ Ces valeurs sont données à titre d'exemple fictif et ne sont pas basées sur la spécificité et la sensibilité réelle du test.
C'est effectivement une question à poser à quelqu'un dans la communauté. L'autre option, c'est de demander à un expert en épidémiologie qu'on connait (ex. Michel Cauchon ou Sylvie Dodin). On pourrait se permettre de valider tous les paramètres qu'ont tous les modèles. Peut-être poser la question à un de nos experts en bioinformatique ? Il y a un pédiatre intensiviste qui justement est un expert semble-t-il dans le domaine.
Cela ne relève pas de la bioinformatique mais plutôt de l'épidémio. La question avait déjà été posée aux épidémiologistes dans Wikimedica:Tâches/Liste/258/13/1.
Petite précision concernant la bioinformatique, car la proposition revient souvent:
- Bioinformatics is an interdisciplinary field that develops methods and software tools for understanding biological data, in particular when the data sets are large and complex ()
Il n'y a pas grande donnée biologique dans Wikimedica.
Plus j'y pense, plus je crois que c'est une prévalence. Si on part de l'énoncé suivant:
- Dans les patients atteints de diverticulose, quelle est la proportion qui est asymptomatique?
C'est une prévalence. Si on la considère comme une sensibilité:
- Chez un patient atteint de diverticulose, quelle est la chance que mon test (lui demander s'il est asymptomatique) détecte la maladie?
Ça ne fait pas de sens, le fait de questionner le patient pour voir s'il est asymptomatique est nullement un test construit pour détecter la diverticulose.
Plus j'y pense, plus je crois que nous sommes incompétents pour répondre aux questions en lien avec l'épidémiologie. On ne peut simplement pas faire cela tout seul.
Je vais demander à Michaël Sauthier par ailleurs si la bioinformatique est un domaine auquel il faut aller cogner.
Je ne crois pas qu'il faille aller cogner à la porte de la bioinformatique. C'est beaucoup trop pointu et sans utilité clinique. Qui plus est, SemanticMediaWiki n'est pas une plateforme adaptée à ce genre de données.
On a décidé que l'InternistBrowser de Richard était trop poussé pour notre usage, la bioinformatique c'est encore plus loin que ça. Je te suggère d'aller voir un peu le genre d'articles scientifiques qu'ils publient pour avoir une idée du domaine.
On verra bien ce qu'il me répond. Ça se peut que je sois dans le champ. Mais s'il me le confirme, je vais arrêter d'en parler.
Par ailleurs, je ne suis pas d'accord avec le fait que l'Internist Browser est « trop poussé » pour nos besoins. Il y a des sections de ses fichiers qui sont tout à fait adéquats pour notre usage, et d'autres sections qui sont beaucoup trop poussées. Je compte bien le recontacter pour avoir une copie cc-by-sa de son contenu que l'on pourra réutiliser comme source parmi d'autres, par exemple en remixant des articles de stat pearls en hémato onco. Ça fait quand même partie de notre mission comme organisation de tenter de convaincre les gens de publier en libre accès. Il est partant ? Pourquoi pas mettre sa base de donnée en libre accès et être en mesure d'en profiter PRN ?
@Antoine Mercier-Linteau, j'ai une suggestion pour l'amélioration de tous les domaines sémantiques. Que penserais-tu qu'on mette tous les paramètres sauf le nom et l'affichage comme étant optionnel dans le modèle, et donc caché, de sorte à ce qu'on doive cliquer sur « Ajouter plus d'informations » dans le modèle pour ajouter les paramètres ? Qu'en penses-tu ? Ça permettrait de libérer de l'espace et l'attention des éditeurs et simplifier le processus.
Certainement! J'aurais tendance par contre à laisser un paramètre clé épidémiologique afin d'informer les éditeurs qu'ils existent. Comme ici, prévalence. Tu en penses quoi?
Oui ça me semble être une bonne idée ! Veux-tu que je m'en charge ?
Certainement! N'oublie pas de faire une sauvegarde à vide sur les pages de modèles pour que la nouvelle documentation soit bien prise en charge par l'éditeur visuel.
Déplacé vers : Wikimedica:Tâches/Liste/436
Pour chaque symptôme, je suggère l'ajout de plusieurs paramètres :
- indication
- sensibilité
- spécificité
- positive likelihood ratio
- negative likelihood ratio (utile pour dire par exemple que si le patient n'a pas de fièvre chez un patient dyspnéique, la pneumonie est moins probable par un facteur X)
- VPP
- VPN
De la même manière que pour les tests paracliniques (ce qu'on s'était parlé par téléphone), il faudrait peut-être rajouter « l'indication » du symptôme. La se, sp et likelihood ratio d'un symptôme sont différents d'une maladie à l'autre. De cette manière, on pourrait faire apparaître tous ces paramètres dans la page du symptômes.
Ce commentaire est le même pour les symptômes, les facteurs de risque et les tests paracliniques.
Pas besoin de spécifier l'indication du symptôme selon moi. La manière dont il est définit pour une maladie donnée fera en sorte qu'il s'affichera en contexte sur sa propre page.
J'ai créé Modèle:Données épidémiologiques pour remplir ce rôle, une fois complet, je l'intégrerai aux symptômes, signes cliniques, facteurs de risques et signes paracliniques.
Il n’y a aucun sujet plus ancien