Bonjour @Michaël St-Gelais et @Daniel Sehayek
Voici 5 modèles d'ontologie en lien avec une page pathogène ou une pathologie directement causée par un pathogène précis. Le CDC utilisent différents modèles, j'en ai ressortis 3 auxquels j'ai ajouté le modèle Merck et celui d'un bouquin de référence, bien que généralement, ceux-ci vont beaucoup trop loin à mon avis.
à bientôt,
Marie-Claude
_____________________________________
Center for Disease Control and Prevention
MODÈLE 1 (exemple pour E. coli homepage)
https://www.cdc.gov/ecoli/clinicians.html
1. Questions et réponses (pertinent?)
o Qui est E. coli?
o Qu’est-ce qu’une souche STEC (shiga toxin-producing E. coli)?
o Quelles sont les différences entre les souches O157 et les autres souches STEC>?
o Qu’est-ce que le syndrome urémique SHU?
o (10 questions environs dans cette section)
2. Symptômes
3. Prévention
4. Outbreaks (incidence annuelle)
5. Références
_____________________________________
Center for Disease Control and Prevention
MODÈLE 2 : Diarrheagenic E. coli (exemple)
https://www.cdc.gov/ecoli/diarrheagenic-ecoli.html
1. Clinique : description des symptômes principaux
2. Agent étiologique : description des principaux groupes pathogènes
3. Incidence : cas rapportés annuellement et épisodes spontanés/épidémies
4. Complications
5. Modes de transmission
6. Populations à risque
7. Surveillance : oui/non, méthodes diagnostiques de laboratoire disponibles.
8. Tendances actuelles : principales populations atteintes (âge, localisation géographique, groupes à risques), résistances rapportées aux agents antimicrobiens.
9. Défis et opportunités: améliorations nécessaires pour comprendre et traiter le pathogènes et les épisodes/épidémies, vaccins en développement ou autres traitements
10. Références
_____________________________________
Center for Disease Control and Prevention
MODÈLE 3 : Campylobactériose - exemple centré sur la pathologie causée par l’agent Campylobacter
https://wwwnc.cdc.gov/travel/yellowbook/2020/travel-related-infectious-diseases/campylobacteriosis
1. Agent infectieux : description du pathogène (caractéristiques microbiologiques, souches pathogènes, etc.)
2. Modes de transmission
3. Épidémiologie : incidence, zones géographiques touchées, dose infectieuse nécessaire
4. Présentation clinique : période d’incubation, symptômes, complications.
5. Diagnostic: description des méthodes d’identification en labo actuellement utilisées
6. Traitement : Description du cours naturel de la maladie et des thérapies disponibles. Résistances aux agents antimicrobiens décrites.
7. Prévention : Méthodes recommandées. Vaccination disponible?
8. Références
_____________________________________
Le Manuel Merck
MODÈLE centré sur la pathologie causée par l’agent
Ex : Infection par E. coli O157 :H7 et autres E. coli entérohémorragiques (EHEC)
https://www.merckmanuals.com/fr-ca/professional/maladies-infectieuses/bacilles-gram-n%C3%A9gatifs/infection-par-escherichia-coli-o157-h7-et-autres-e-coli-ent%C3%A9roh%C3%A9morragiques-ehec?query=e.%20coli
1. Épidémiologie : prévalence, sérotypes majeurs, patients touchés et populations à risque, réservoirs possibles, modes de transmission.
2. Physiopathologie : Description et complications (ex : SHU -> lien)
3. Symptomatologie
4. Diagnostic : principales méthodes disponibles
5. Traitement : incluant les résistances connues
6. Prévention
7. Références
_____________________________________
Livres de références (ontologie variable selon les auteurs)
Exemple : Gram-positive pathogens by Vincent A Fischetti, Richard P Novick, Joseph J Ferretti, Daniel Adam Portnoy, Miriam Braunstein, Julian I RoodLivre numérique 2019
Pour un pathogène donné (ex : Streptococcus du groupe A), les auteurs séparent les sections comme suit :
1. Biologie du pathogène
2. Épidémiologie
3. Génétique
4. Facteurs de pathogénécité (ex : capsule, toxines)
5. Etc. : c’est hypervariable selon les bouquins