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Édition d'algorithmes cliniques [En cours] Modifier cette tâche Aide

Type	Amélioration
Création	Michaël St-Gelais
Responsable(s)	Antoine Mercier-Linteau, Mattéo Delabre, Charles-Éric Noël Laflamme
État	En cours
Date de création	2018/02/01
Échéance	aucune
Priorité	Normale
Projet(s)	Project:Développement Modèle:Flowchart

Cette tâche consiste en trouver une façon d'éditer directement des algorithmes diagnostics directement à partir de wiki sans passer par des images. Existe-t-il déjà une librairie qu'on pourrait intégrer à l'Éditeur Visuel?

Voici ce que cette librairie devrait accomplir:

Permettre la création de graphiques style « flowchart ».
Le module devra générer une syntaxe textuelle (SVG?) qui sera réinterprétée en un graphique interactif (et non une image).
La syntaxe devra permettre à un programme de naviguer la logique de l'algorithme.
Le graphique devra être éditable à même l'interface de l'Éditeur Visuel (éditable par le web).
Idéalement, aucun backend sur le serveur pour faire la conversion entre la syntaxe et le graphique interactif.

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Comparaison des librairies

Nom	Extension MediaWiki	Édition visuelle	Langage de sortie	Avantages	Désavantages
Vega	Oui	Oui	JSON	Très puissant, supporte de nombreux types de visualisation de données Bonne intégration à MediaWiki (exemple) Basé sur D3.js (très populaire)	Ne semble pas supporter les diagrammes
Draw.io / Mxgraph	Très basiques: Drawio DrawioEditor	Oui, mais à l'extérieur de MediaWiki	SVG (et autres)	Populaire Interface très développée et orientée diagrammes Peut générer autre chose que des flowcharts (par ex: diagrammes d'interaction pour la physiologie)
react-flow-chart	Non	Oui	JS	Semble simple Basé sur react.js Très flexible	semble moins bien documentée
react-diagrams	Non	Oui	HTML	Très flexible Basé sur react.js
Cytoscape.js	Non	Non	?	Très utilisé dans le monde de la recherche Très flexible Supporte SBGN, un langage de description standardisé de processus biologiques	Ne semble pas d'emblée fait pour afficher des flowcharts (plugin) Super complexe

Comparaison des extensions MediaWiki

Adaptée de la page « Diagrams » sur mediawiki.org.

Extension MediaWiki	Édition visuelle	Langage sous-jacent	Types de diagrammes	Dépendances système	Dernière mise à jour
Cognitive Process Designer	Oui	BPMN XML	Flowcharts	Semantic MediaWiki	2016
Dia	Non	Dia	Flowcharts	Dia	2018
Ditaa	Non	ditaa	Diagrammes divers	ditaa	2018
Drawio	Non	(Intégration avec draw.io)	Diagrammes divers	—	2016
DrawioEditor	Oui	(Intégration avec draw.io)	Diagrammes divers	—	2017
GraphViz	Non	DOT, Mscgen	Flowcharts, diagrammes de séquences	GraphViz et/ou Mscgen, Extension ImageMap	2018
Mermaid	Non	Mermaid	Flowcharts, diagrammes de Gantt, autres diagrammes	—	2019

Discussion

Archive de discussion

Je suis quasiment certain qu'il n'existe pas de module Mediawiki pour le faire. Par contre, il doit exister des librairies pour le faire à l'aide d'un navigateur. Il suffirait donc de les adapter pour en faire un plug-in de l'éditeur visuel. Antoine Mercier-Linteau (discussion) 2 février 2018 à 04:08 (EST)

Le wiki de médecine d'urgence Wikiem a fait face au même problème et ont décidé de bypasser mediawiki en générant leurs algorithmes avec LucidChart. Antoine Mercier-Linteau (discussion) 4 février 2018 à 15:01 (EST)

Ouais je sais... J'ai vu ce que WikiEM faisait, c'est pour ça que j'aurais souhaité un module pour simplifier le plus possible l'utilisation pour nos utilisateurs.

Mais en termes non spécialisé, ça veut dire quoi des librairies pour le faire à l'aide d'un navigateur et le plug-in machin truc... :D Je ne comprends pas.

Michaël St-Gelais (discussion) 7 février 2018 à 20:54 (EST)

Une librairie constituerait un base de fonctions que nous pourrions ajouter (plug-in) à l'éditeur visuel de Wikimedica. De cette manière, les éditeurs pourraient modifier les algorithmes comme ils modifient des pages. La manière dont Wikiem s'y prend, c'est à partir d'un compte partagé sur LucidCharts (genre ils donnent le password à tout le monde) duquel ils génèrent des images qu'ils importent ensuite sur leur wiki. Ça "fait la job", mais c'est très bancale et c'est loin d'être une solution durable. Antoine Mercier-Linteau (discussion) 9 février 2018 à 10:41 (EST)

Graphviz est installé sur Wikimedica, mais il y aurait aussi Mermaid. Malheureusement, ni l'une ni l'autre ne permet l'édition visuelle, mais ce pourrait être un bon point de départ. Antoine Mercier-Linteau (discussion) 9 juillet 2018 à 00:19 (EDT)

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 |title=Édition d'algorithmes cliniques
 |type=2
-|status=1
+|status=2
 |priority=2
-|projets=Wikimedica:Projets/Partenariat avec l'Université Laval
+|projets=Project:Développement, Modèle:Flowchart
 |creator=Utilisateur:Michaël St-Gelais
+|assignees=Utilisateur:Antoine Mercier-Linteau,Utilisateur:Mattéo Delabre,Utilisateur:Charles-Éric Noël Laflamme
 |created=2018/02/01
-|description=Trouver une façon d'éditer directement des algorithmes diagnostics directement à partir de wiki sans passer par des images. Existe-t-il déjà un module qu'on pourrait ajouter ?
+|description=Cette tâche consiste en trouver une façon d'éditer directement des algorithmes diagnostics directement à partir de wiki sans passer par des images. Existe-t-il déjà une librairie qu'on pourrait intégrer à l'Éditeur Visuel?
-S'il n'existe pas de module à installer, cet aspect pourrait être réalisé en collaboration avec des étudiants en génie informatique ou en informatique.
+Voici ce que cette librairie devrait accomplir:
+# Permettre la création de graphiques style « flowchart ».
+# Le module devra générer une syntaxe textuelle (SVG?) qui sera réinterprétée en un graphique interactif (et non une image).
+# La syntaxe devra permettre à un programme de naviguer la logique de l'algorithme.
+# Le graphique devra être éditable à même l'interface de l'Éditeur Visuel (éditable par le web).
+# Idéalement, aucun backend sur le serveur pour faire la conversion entre la syntaxe et le graphique interactif.
 }}
-==Discussion==
+== Comparaison des librairies ==
+{| class="wikitable"
+!Nom
+!Extension MediaWiki
+!Édition visuelle
+!Langage de sortie
+!Avantages
+!Désavantages
+|-
+|Vega
+|[[mediawikiwiki:Extension:Graph|Oui]]
+|Oui
+|JSON
+|
+* Très puissant, supporte de nombreux types de visualisation de données
+* Bonne intégration à MediaWiki ([[wikipedia:Template:Graph:Most_Expensive_Paintings|exemple]])
+* Basé sur D3.js (très populaire)
+|
+* Ne semble pas supporter les diagrammes
+|-
+|[https://www.draw.io/ Draw.io] / [https://github.com/jgraph/mxgraph Mxgraph]
+|Très basiques:
+* [[mediawikiwiki:Extension:Drawio|Drawio]]
+* [[mediawikiwiki:Extension:DrawioEditor|DrawioEditor]]
+|Oui, mais à l'extérieur de MediaWiki
+|SVG (et autres)
+|
+* Populaire
+* Interface très développée et orientée diagrammes
+* Peut générer autre chose que des flowcharts (par ex: diagrammes d'interaction pour la physiologie)
+|
+|-
+|[https://github.com/MrBlenny/react-flow-chart react-flow-chart]
+|Non
+|Oui
+|JS
+|
+* Semble simple
+* Basé sur react.js
+* Très flexible
+|
+* semble moins bien documentée
+|-
+|[https://github.com/projectstorm/react-diagrams react-diagrams]
+|Non
+|Oui
+|HTML
+|
+* Très flexible
+* Basé sur react.js
+|
+|-
+|[https://js.cytoscape.org/ Cytoscape.js]
+|Non
+|Non
+|?
+|
+* Très utilisé dans le monde de la recherche
+* Très flexible
+* Supporte [https://sbgn.github.io/ SBGN], un langage de description standardisé de processus biologiques
+|
+* Ne semble pas d'emblée fait pour afficher des flowcharts ([https://github.com/cytoscape/cytoscape.js-klay plugin])
+* Super complexe
+|}
+== Comparaison des extensions MediaWiki ==
+Adaptée de la page [https://www.mediawiki.org/wiki/Diagrams « Diagrams » sur mediawiki.org].
+{| class="wikitable"
+! Extension MediaWiki
+! Édition visuelle
+! Langage sous-jacent
+! Types de diagrammes
+! Dépendances système
+! Dernière mise à jour
+|-
+| [https://www.mediawiki.org/wiki/Extension:Cognitive_Process_Designer Cognitive Process Designer]
+| Oui
+| BPMN XML
+| Flowcharts
+| [https://www.semantic-mediawiki.org Semantic MediaWiki]
+| 2016
+|-
+| [https://github.com/mediawiki4intranet/Dia/ Dia]
+| Non
+| Dia
+| Flowcharts
+| [https://gitlab.gnome.org/GNOME/dia/ Dia]
+| 2018
+|-
+| [https://github.com/ntavares/mediawiki-extensions-ditaa/ Ditaa]
+| Non
+| ditaa
+| Diagrammes divers
+| [http://ditaa.sourceforge.net ditaa]
+| 2018
+|-
+| [https://github.com/SMS-IT/wiki_drawio/ Drawio]
+| Non
+| (Intégration avec draw.io)
+| Diagrammes divers
+| —
+| 2016
+|-
+| [https://github.com/mgeb/mediawiki-drawio-editor DrawioEditor]
+| Oui
+| (Intégration avec draw.io)
+| Diagrammes divers
+| —
+| 2017
+|-
+| [https://gerrit.wikimedia.org/g/mediawiki/extensions/GraphViz GraphViz]
+| Non
+| DOT, Mscgen
+| Flowcharts, diagrammes de séquences
+| GraphViz et/ou Mscgen, [https://www.mediawiki.org/wiki/Extension:ImageMap Extension ImageMap]
+| 2018
+|-
+| [https://github.com/SemanticMediaWiki/Mermaid/ Mermaid]
+| Non
+| Mermaid
+| Flowcharts, diagrammes de Gantt, autres diagrammes
+| —
+| 2019
+|}
+== Discussion ==
+{{Afficher page de discussion}}
+==Archive de discussion==
 Je suis quasiment certain qu'il n'existe pas de module Mediawiki pour le faire. Par contre, il doit exister des librairies pour le faire à l'aide d'un navigateur. Il suffirait donc de les adapter pour en faire un plug-in de l'éditeur visuel. [[Utilisateur:Antoine Mercier-Linteau|Antoine Mercier-Linteau]] ([[Discussion utilisateur:Antoine Mercier-Linteau|discussion]]) 2 février 2018 à 04:08 (EST)