Après beaucoup de recherches et un rapport de bogue fait pour rien, je crois avoir mis le doigt sur le problème.
Lors de l'ajout d'un nouvel espace de discussion avec StructureDiscussions, il faut appeler maintenance/populateContentModel.php afin de mettre à jour la base de données. Or, dans une version récente de MediaWiki, le content_model n'est plus vérifié à partir de la table revision mais est vérifié à partir de la table content.
maintenance/populateContentModel.php ne semble pas avoir été mis à jour et fonctionne encore avec l'ancien schéma.
Pour régler le problème, je suis allé forcer la mise à jour moi-même avec Spécial:ChangeContentModel.
J'ai aussi publié un rapport de bogue: https://phabricator.wikimedia.org/T248283