Sujet sur Discussion Gestion:Ontologie

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Propriété élément d'histoire

40 commentaires • 4 mars 2022 à 13:18 4 mars
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Antoine Mercier-Linteau (discussioncontributions)

@Michaël St-Gelais, je me questionne sur la pertinence d'ajouter une nouvelle propriété Élément d'histoire.

Par exemple:

  • Trauma à haute vélocité
  • Accident de la route
  • Voyage dans certains pays

Ou pourrai-t-on dire que tout ça ne sont que des Facteurs de risques?

Prenons le TCC par exemple, que seraient:

  • l'impact crânien?
  • l'accélération/décélération?

Ce n'est pas vraiment logique de mettre cela dans facteurs de risques...

Tu en penses quoi?

Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

Ouinnnn... Je vois le questionnement. J'ai l'impression que ce sont plutôt des cas particuliers de facteurs de risque.

Le fait d'avoir visiter l'Afrique est un facteur de risque de la malaria. Le fait d'être impliqué dans un accident de voiture à haute vélocité est un facteur de risque de TCC léger.

L'impact crânien est un facteur de risque d'être atteint de TCC léger. Parfois, on peut faire un TCC léger sans impact crânien (accélération/décélération brutale).

Facteurs de risque + symptômes = histoire clinique.

Antoine Mercier-Linteau (discussioncontributions)

Et si on pense à nos contributeurs? Pour une fracture du radius par exemple, dans l'histoire il y aura certainement le facteur de risque chute.

Cependant, je ne suis pas certain que les gens vont décoder qu'ils sont supposés mettre ça dans les facteurs de risques. D'autant plus que ça va dans la section Questionnaire.

La manière dont les utilisateurs définissent les données sémantiques et la manière dont elles sont gérées du point de vue informatique peut être deux choses différentes.

On pourrait par exemple créer un modèle Élément d'histoire qui n'est rien d'autre qu'une redirection vers Facteur de risque.

@Maude Allard?

Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

Pour ma part, je garderais ça dans les facteurs de risque, mais je comprends ton point pour simplifier tout ça du point de vue des utilisateurs. Quoique je ne suis pas certain que d'ajouter un modèle soit vraiment une manière de simplifier.

À la base, souviens-toi, c'était pour cette raison qu'on a rapproché les facteurs de risque du questionnaire, car beaucoup des éléments des facteurs de risque sont des éléments d'histoire. On trouvait que ça rendait ça plus intuitif.

Maude Allard (discussioncontributions)

Ouf c'est complexe comme décision! j'y réfléchis et je vous reviens!

Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

Est-ce que tu aurais réouvert la discussion par accident ?

Antoine Mercier-Linteau (discussioncontributions)

Pas par accident, c'est là que je vais mettre le lien vers le modèle une fois que ce sera implanté. Tel que discuté, les propriétés sémantiques ne sont pas formellement attachées à des classes. Par exemple, la propriété Acronyme est utilisée dans toutes les classes, la propriété Systèmes est utilisée sur les signes et les symptômes.

Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

C'est vrai que de faire un modèle qui est une simple redirection pour encourager les gens à mettre les éléments d'histoire, ce n'est pas bête, et vraiment pas très long à implanter !

Antoine Mercier-Linteau (discussioncontributions)

Je n'en ferais pas une redirection en fait, ce serait une propriété à part entière qui serait liée à une classe de page (Classe:Élément d'histoire, ou un meilleur nom).

Par exemple, le sexe masculin est un facteur de risque de plusieurs pathologies, mais aussi un facteur de protection pour plusieurs autres. La page sexe masculin serait donc une page de type Élément d'histoire qui permettrait de retrouver toutes les pathologies en lien. Les éléments d'histoire pourraient se retrouver également dans la section Questionnaire des pages de maladie, selon ce que l'éditeur juste le plus logique (ça ne fait pas de différence au niveau sémantique).

Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

Ce que tu décris avec le sexe masculin, c'est un cas classique de facteur de risque typique. Le fait que le sexe masculin ou que l'âge protège ou prédispose à une maladie, on devrait pouvoir faire ça dans les modificateurs qu'on implantera éventuellement dans le modèle Facteur de risque.

Pour l'élément d'histoire, c'était vraiment pour des trucs comme FOOSH et chute de sa hauteur qu'on voulait l'implanter : ce sont des trucs qui ressemblent énormément à des facteurs de risque en fait et qu'on retrouve classiquement au questionnaire.


Antoine Mercier-Linteau (discussioncontributions)

Euh oui lol, j'ai vraiment utilisé le mauvais exemple. Le point, c'est que certaines choses sont à la fois des facteurs de risques et des facteurs protecteurs. Comment va-t-on nommer ces pages? Ça ne peut donc pas être Sexe masculin (facteur de risque).

L'autre chose, FOOSH par exemple, on le mets où? On le veut dans Facteurs de risques, mais je suis pas mal certain qu'intuitivement les gens vont le mettre dans Questionnaire, car ça fait partie du PQRST de la fracture du radius.

Que dirais-tu de Donnée clinique?

Après, les propriétés Facteur de risque, Facteur protecteur, Élément d'histoire pourraient référer à ce type de page.

Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

Laissons de côté les facteurs de risque et les facteurs protecteurs. On y reviendra quand on fera les modificateurs éventuellement.

Dans le moment, c'est vraiment juste sur Élément d'histoire que je veux qu'on se concentre. Si on prend l'exemple du FOOSH, le FOOSH est en réalité un facteur de risque, mais que les gens mettront dans la section Questionnaire, comme tu le mentionnais précédemment. Que faire dans l'immédiat avec Élément d'histoire pour l'implanter dans Approche clinique ? Un modèle à part entière ou une redirection vers facteurs de risque. Parce que de facto, les éléments d'histoire sont des facteurs de risque.

Antoine Mercier-Linteau (discussioncontributions)

J'aurais tendance à en faire un modèle à part. Si un jour un change d'idée et on veut que ce soit séparé de facteurs de risques, de cette manière ce sera possible.

Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

Très bien je vais faire le modèle en question.

Michaël St-Gelais (discussioncontributions)
Antoine Mercier-Linteau (discussioncontributions)
Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

On ne peut pas mettre les mêmes paramètres épidémiologiques. Les paramètres épidémiologiques auraient un sens pour une maladie, mais pas pour une approche clinique. À moins qu'on appelle ce modèle Élément d'histoire discriminant.

Antoine Mercier-Linteau (discussioncontributions)

C'est le principe non? Les modèles sémantiques pour les pages de maladies ont en quelque sorte un équivalent pour les pages d'approche clinique.

Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

Non, les approches cliniques n'ont pas de paramètres épidémiologiques. Ça ne fait absolument aucun sens qu'ils en aient.

On ne peut pas dire qu'un signe clinique a un LR+ de X dans telle approche clinique. On dit toutefois qu'un signe clinique a un LR+ de X dans telle maladie.

La céphalée de type coup de tonnerre ne possède pas de LR/sensibilité/spécificité pour la céphalée aiguë, mais en possède une pour l'HSA ou la SCVS.

Les pages d'approche clinique ne possèdent aucune donnée épidémiologique par définition à l'intérieur des modèles. Ce sont les pages de maladie, classe de maladie, procédure, et les autres qui en ont.

Et ne faisons pas l'erreur de les mettre « au cas où ». Les gens vont mettre n'importe quoi dedans et on va être pogné avec.


Antoine Mercier-Linteau (discussioncontributions)

Ce n'est pas tout à fait ça que je disais. J'évoquais plutôt Signe clinique / Signe clinique discriminant, Symptôme / Symptôme discrimimant, donc Élément d'histoire / Élément d'histoire discriminant.

Une balise pour les maladies, l'autre pour l'approche clinique quand on cherche des éléments discrimimants.

Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

Ah ok ! En bref :

  • Signe clinique : données épidémiologiques // Signe clinique discriminant : pas de paramètres données épidémiologiques
  • Symptôme : données épidémiologiques // Symptôme discrimimant : pas de paramètres données épidémiologiques
  • Élément d'histoire : données épidémiologiques // Élément d'histoire discriminant : pas de paramètres données épidémiologiques

Si on résume, les modèles spécifiques à Approche clinique ne contiennent pas de Données épidémiologiques.

Il resterait Élément d'histoire discriminant à ajouter sans paramètre épidémiologique et Élément d'histoire à ajouter avec paramètre épidémiologique.

Est-ce qu'on est d'accord ?

Antoine Mercier-Linteau (discussioncontributions)

Parfait!

Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

Encore un cas classique où on dit la même chose mais qu'on ne se comprend pas :P

J'ai fait les pages ainsi que la documentation.

J'ai modifié la page Classe:Approche clinique, Classe:Approche clinique/Prototype, Classe:Maladie, Classe:Maladie/Prototype, Classe:Classe de maladie et Classe:Classe de maladie/Prototype.

Une bonne chose de faite !

Je crois que ça vaudrait une belle publication FB pour expliquer qu'est-ce que l'amélioration dans l'ontologie peut représenter pour le clinicien.

Par exemple, avec la nouvelle ontologie d'Approche clinique, il serait simple de générer un « template » de note médicale en fonction d'une situation donnée pour les dossiers médicaux électroniques. Ça parait banal, mais il faut démontrer en quoi Wikimedica n'est pas seulement que du texte.

Antoine Mercier-Linteau (discussioncontributions)

Tu commences à bien maîtriser les modèles ;)

Tu vas me trouver tannant, mais il faudrait ajouter dans les balises sémantiques pour la discrimination les pathologies pour lesquelles on discrimine justement.

Par exemple sur la page de l'hémoptysie {{Facteur de risque discriminant|nom=tabagisme|étiologies=Cancer du poumon;EAMPOC;bronchiectasies surinfectées}}.

Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

C'est un très bon point. Quel est le type de paramètre pour l'étiologie ? String ? Wikitexte ? Page ? Je ne suis pas certain.

Antoine Mercier-Linteau (discussioncontributions)

String! Les maladies séparées par des points-virgules.

Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

Et pourquoi pas des virgules ? Juste de même... C'est la syntaxe habituelle ou un choix comme ça ?

Antoine Mercier-Linteau (discussioncontributions)

J'essaie d'en faire la syntaxe habituelle. bien que beaucoup de champs demandent une séparation par virgules. Je me suis rendu compte parfois que ça entrait en conflit avec certains mots (p.ex: cunéiforme, pied et cunéiforme, main) à mettre dans des listes. Le ; n'est pas vraiment utilisé en terminologie (il sert plus à la syntaxe) alors on va être safe.

Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

Peux-tu en faire une tâche stp ? Je ferai ça sous peu, mais j'ai peur de perdre ça dans le dédale des discussions sur le wiki.

Antoine Mercier-Linteau (discussioncontributions)

J'ai trouvé un usage particulièrement intéressant pour les Éléments d'histoire. Par exemple, dans la page du WPW, les symptômes liés aux arythmies sont listés (ce qui est incorrect, car ce sont des complications). Cependant, il faut définitivement demander à un patient WPW s'il a déjà eu des épisodes d'arrythmies.

Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

Oui en effet... ? Mais je ne comprends pas l'objectif de ton intervention. À quoi penses-tu ?

Antoine Mercier-Linteau (discussioncontributions)

Normalement, les complications des maladies ne sont pas listées avec des balises sémantiques dans la section Présentation clinique. On pourrait toutefois les inclure formellement grâce à la balise Élément d'histoire.

Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

De quelle complication parles-tu ? Les complications vont dans la section complication...

Antoine Mercier-Linteau (discussioncontributions)

Dans le questionnaire du WPW, il est tout à fait pertinent de demander si le patient a déjà syncopé. Or, les palpitations ne sont pas un symptôme du WPW (qui est asymptomatique), c'est un symptôme d'une de ses arythmies potentielles.

On listerait donc palpitations comme un Élément d'histoire.

Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

Je vois ce que tu veux dire. Par contre, je ne suis pas tout à fait en accord. Il y a des maladies qui sont asymptomatiques la plupart du temps ex. MCAS stable. On devrait donc dire dans leurs symptômes que cette maladie est asymptomatique. Ça ne marche pas.

Un autre exemple : l'asthme. L'asthme peut être contrôlé ou exacerbé. Faudrait-il faire deux pages ? Une page pour l'asthme en général et une page pour l'exacerbation de l'asthme ?

Antoine Mercier-Linteau (discussioncontributions)

Le symptôme asymptomatique existe déjà et est en usage.

Il nous faudrait également une page sur la crise d'asthme. La plupart du temps l'asthme se présente sans crise. On a également une page sur la cholélithiase qui ne traite pas de la colique biliaire, car c'est une complication. Bref, on fonctionne déjà de cette manière depuis le début.

Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

C'est effectivement cohérent de fonctionner ainsi.

Si je te comprends bien :

  • Colique biliaire et cholélithiase = 2 pages de maladies
  • WPW et WPW en FA = 2 pages de maladies
  • Asthme et exacerbation de l'asthme = 2 pages de maladies
  • MPOC et EAMPOC = 2 pages de maladies

Certaines de ces maladies sont complètement asymptomatiques à l'état de base (WPW et cholélithiase) alors que d'autres peuvent présenter des symptômes même si ce n'est pas en exacerbation (asthme et MPOC).

Dans les maladies complètement asymptomatiques (ex WPW), les symptômes (palpitations/lipothymies/syncopes) doivent être présentés comme des éléments d'histoire.

Je saisis bien ?

Antoine Mercier-Linteau (discussioncontributions)

Tu saisis ! Ça risque de nous rajouter du travail, mais je pense que ça va éviter de créer des trop grosses pages pour des maladies déjà complexes.

Naturellement on fonctionne comme ça, regarde la page Cholélithiase, sa section complications donne des liens vers Cholécystite aiguë et Colique biliaire.

Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

Ce que ça veut dire aussi, c'est que je vais devoir retravailler la page de l'asthme. Méchant monument :P On ferme cette discussion ?

Antoine Mercier-Linteau (discussioncontributions)

Pas de presse à le faire. Attends avant de fermer, je vais m'assurer d'avoir tout implanter.