Discussion Gestion:Tâches/Liste/372

La première version des structures :

• os
• muscle
• articulation
• ligament

a été réalisé. S'il y a des commentaires dans le futur, nous les ferons sur les pages de discussion des pages respectives.

Je ferme cette tâche.

@Michaël St-Gelais, voici ce que je trouve la structure proposée plutôt adéquate. Il y a seulement la section axes et plans que je déplacerais dans l'infobox, car elle ne contient qu'un seul terme et n'a pas besoin d'être descriptive.

Par ailleurs, les items suivants:

• muscles agonistes et antagonistes
• origine
• insertion
• innervation
• vascularisation.

Pourraient être définis dans l'infobox car très simples. Une section sur le sujet irait ensuite donner des précisions sur le sujet au besoin. Ça éviterait des sections qui contiennent seulement une phrase genre Tel muscle est vascularisé par tel artère.

Ça marche. Je vais faire appliquer cette structure.

Par ailleurs, vas-tu programmer l'extension pour faire l'importation des pages de StatPearls en anatomie ? Personnellement, je n'aurais pas tendance. J'attendrais d'avoir testé.

Oui je compte le faire, car c'est une affaire de quelques minutes (voir MediaWiki:ContentImporter-statpearls-rules.json). Après, on peut facilement modifier les correspondances entre sections.

Je ne suis pas certain d'être d'accord en rétrospective. Dans les bouquins d'anatomie descriptive, ce n'est pas simplement Tel muscle est vascularisé par tel artère. Il y a aussi la manière dont cette artère se promène ou traverse la structure anatomique. C'est vrai que ça risque d'être parfois assez bref, mais pas toujours. Le trajet d'une artère ou d'un nerf pourrait très certainement faire un paragraphe à certaines occasions.

Même constat pour le reste en fait.

Tu as raison. Nous en avons discuté par téléphone et il est dans certains cas approprié de décrire en long certains aspects de l'anatomie comme la vascularisation et l'innvervation. Il est toutefois préférable de les coder sous forme de liste dans l'infobox afin d'obliger les éditeurs à les spécifier (et donc faire les bon liens sémantiques).

@Antoine Mercier-Linteau, j'ai fait un premier jet pour tous, sauf ligament. Peux-tu aller jeter un oeil ? Il manque certains détails, comme les infobox et les prototypes que je n'ai pas encore fait, mais je préfère attendre que ce soit plus solide avant de le faire.

Voici mes commentaires pour le muscle:

• Axes et plans: pourrait être simplement spécifié dans l'infobox, pas besoin d'infobox pour ça.
• Besoin de prévoir une section pour les articulations liées, les aponévroses liées et les fascias liés?

Je vais donner mes commentaires sur l'os et l'articulation dans leurs sujets de conversation respectifs.

• Axes et plans: pourrait être simplement spécifié dans l'infobox, pas besoin d'infobox pour ça.
  • J'ai l'impression que lorsqu'on décrit les axes et les plans, cela peut se faire en plusieurs phrases, pas seulement en 2-3 mots. Voici un exemple pour le fémur : « L'axe anatomique du fémur est l'axe qui relie le milieu de l'échancrure intercondylienne au sommet du grand trochanter, l'axe mécanique est l'axe qui relie le milieu de l'échancrure intercondylienne au centre de la tête fémorale, l'angle entre ces deux axes définit l'angle de valgus fémoral, en moyenne de 8 à 10°. » Tiré de http://anatomie-fmpm.uca.ma/wp-content/uploads/2020/09/FEMUR.pdf
• Besoin de prévoir une section pour les articulations liées, les aponévroses liées et les fascias liés?
  • Mmmm... ça dépend à mon sens si c'est une simple énumération ou si on a l'intention de décrire comment tel fascia ou ligament est en lien avec tel muscle ou os.

Je solliciterais notre experte en la matière @Isabelle Thibault

hahaha!!! Je suis d'Accord pour l'Axe et plan que ça peut prendre plusieurs lignes...prenez l'exemple de la scapulaire qui bouge dans plein de directions.... Il serait bien aussi de décrire quels sont les principaux ligaments associés à l'articulation. Comme pour la coxo-fémorale, il faut parler des ligaments de l'Articulation, mais c'est difficile de parler du fémur simplement sans parler des articulations associées. Je ferais une page fémur, par exemple, en mentionnant qu'il compose l'Articulation coxo-fémorale (hanche) en proximal et fémoro-tibiale (genou) en distal, mais je ferais des liens vers les pages des articulations / ligaments/ muscles...En anatomie on décrit souvent l'os, et ensuite les ligaments et muscles associés qui composent les articulations reliées... La description "passive" d'une articulation est normalement composée des surfaces articulaires, des ligaments et structures internes (ménisque, disques etc). Par la suite on y introduit les muscles tout en ajoutant la description des mouvements et plans associés à l'Action des différents muscles.. Je ne sais pas si ça fait du sens? selon vous?

@Isabelle Thibault

En résumé ?

• Axe et plan = section à part entière (pas seulement dans l'infobox)
• les articulations liées, les aponévroses liées et les fascias liés = section à part entière (pas seulement dans l'infobox)

je pense oui....mais ce n'est que mon opinion? :)

@Antoine Mercier-Linteau et @Isabelle Thibault, voici ce que j'ai pondu. Classe:Muscle/Prototype. Ça fait du sens ?

@Antoine Mercier-Linteau, tu iras voir ce que j'ai fait dans Entité anatomique. J'ai presque tout mis dedans au final, avec certains champs obligatoires et optionnels. Il reste très peu d'éléments « spécifiques » au muscle.

Je vais attendre de voir les corrections apportées par Antoine avant de me lancer dans les autres pages.

Merci à vous deux! J'ai redistribué les sections depuis Classe:Entité anatomique, car ça n'avait pas vraiment rapport d'avoir une section sur les fascias dans une classe qui peut englober l'oeil, la vésicule biliaire, le nez, etc. J'ai également déplacé ces sections dans Classe:Os et Classe:Articulation (reste à jour les prototypes).

J'ai aussi mis à jour l'extension d'importation pour les pages de StatPearls.

Je trouve que ça fait bien du sens...

Voici mes commentaires:

• Voulons nous des sections pour les articulations, muscles et ligaments liés (en plus des les énumérer dans l'infobox.

• On pourrait ajouter une section (ou sous-section dans Description) dans entité anatomique qui se nomme Entités liées et ensuite définir des sous sections dans chaque classe?
• Ostéocinématique pourrait aller dans Mécanique

• Voulons nous des sections pour les articulations, muscles et ligaments liés (en plus des les énumérer dans l'infobox).
  • À voir ce que nous déciderons pour les muscles. Nous ferons un tout cohérent.
• On pourrait ajouter une section (ou sous-section dans Description) dans entité anatomique qui se nomme Entités liées et ensuite définir des sous sections dans chaque classe?
  • Si nous allons de l'avant avec une section à part entière dans le texte, je ne la mettrais pas dans la section description, car la section description décrit la structure elle-même. Étant donné que ce sont des structures liées, j'en ferais une section à part. Sinon, la section description aussi va être très « populeuse ».
• Ostéocinématique pourrait aller dans Mécanique.
  • À valider avec @Isabelle Thibault. Elle m'expliquait ça sur FB et je dois dire que j'en perdais des bouts. Il y a plein de micro-subtilités dans l'anatomie descriptive et je ne veux pas qu'on se mette les pieds dans les plats. Mais à prime abord, ça m'a l'air d'une bonne idée.

voir la réponse muscle... Mais je pense que ça fait du sens.... on pourrait avoir une petite discussion aussi? moi je comprends bien l'anatomie, mais moins la façon dont on veut structurer le format wiki...tsé, l'informatique derrière le tout hahah!!

Ce que je suggère, c'est de réaliser la page prototype (ex. Classe:Maladie/Prototype), ce qui va te permettre de mieux visualiser.

Bon travail, comme pour les autres structures, je pense que nous pourrions vouloir une section sur les entités liées.

Attendons de voir la réponse à Isabelle à ce sujet et nous ajusterons en conséquence.

@Antoine Delobel, @Vanessa Desjardins, j'ai ajouté Classe:Os, Classe:Muscle et Classe:Articulation dans MediaWiki:ContentImporter-statpearls-rules.json.

Prenons donc deux pages StatPearls de chaque type et tentons de les recréer sur Wikimedica avec la structure ci-dessus (cela devra se faire manuellement). Pour les muscles, Jean-Philippe a proposé:

• le trapèze
• le coracobachial

Ceci va nous permettre de tester la structure. Je vous laisse choisir deux os et articulations.

@Vanessa Desjardins et moi, on a travaillé sur l'ontologie des pages trapèze et fémur! On va les corriger et on pourra regarder ça après. Voici donc les changements que l'on a apportés:

Page Trapèze

• Ajout du titre « Définition » (puisque ce n’est pas reconnu comme tel)
• Vasculatisation -> vascularisation
• À mettre dans la boxe : position anatomique, axe et plan, muscles agonistes et antagonistes, origine, insertion, innervation, vascularisation
• Origine et insertion : on garde ça dans la définition car c’est vraiment court
• Ajout du titre « muscles agonistes et antagonistes »
• On a enlevé le reste de la « Définition » (ce qui était sous la partie en lien avec la « fonction »…) et on l’a mis dans le titre « Fonction »
• La section « Description » (qui ne contient rien au début) contient une photo, une description physique du muscle ainsi que les origine et insertion (plus poussée que dans la définition).
• « Structure et fonction » devient « Fonction » puisque la structure serait décrite dans la section « Description ».
• Le paragraphe qui décrit des problématiques liées à ce muscle qui était auparavant dans « Structure et fonction » va dans « Présentation clinique ».
• Enlevé la section « Informations cliniques » parce qu’il existe déjà la section « Présentation clinique ».

Page Fémur

• Ajout du titre « Définition » (on ne laisse que le début, et on met toute la partie qui concerne l’articulation dans l’ajout « Articulations liées ». Ce qui décrit l’os, on le met dans « Description ».)
• « Approvisionnement en sang et lymphatique » devient « Vascularisation »
• Enlever la section « Fonction » parce que la section « Structure et fonction » existe déjà.
• On a déplacé la partie concernant l’articulation du genou qui était dans « Structure et fonction » pour la mettre dans « Articulations liées ».
• On a enlevé la section « Structure et fonction » pour la remplacer par « Description ».
• « Description », comme pour le muscle, contient une photo et une description physique de l’os.
• « Muscles » devient « Muscles associés ».
• « Considérations chirurgicales » reste de même
• Enlever « Informations cliniques » (section vide)
• « Signification clinique » devient « Présentation clinique ».
• À mettre dans la boxe : position clinique, articulations liées, muscles liés et ligaments liés

@Antoine Mercier-Linteau

Pour le muscle.

• Ajout du titre « Définition » (puisque ce n’est pas reconnu comme tel)
  • Je ne le ferais pas pour être cohérent avec le reste.
• Vasculatisation -> vascularisation
  • Ok
• À mettre dans la boxe : position anatomique, axe et plan, muscles agonistes et antagonistes, origine, insertion, innervation, vascularisation
  • Je ne mettrais pas ces éléments dans l'infobox.
• Origine et insertion : on garde ça dans la définition car c’est vraiment court
  • Je garderais ça dans la section description.
• Ajout du titre « muscles agonistes et antagonistes »
  • @Isabelle Thibault, est-ce un ajout intéressant à mettre dans la structure du muscle ?
• On a enlevé le reste de la « Définition » (ce qui était sous la partie en lien avec la « fonction »…) et on l’a mis dans le titre « Fonction »
  • Définition sera très courte j'ai l'impression.
• La section « Description » (qui ne contient rien au début) contient une photo, une description physique du muscle ainsi que les origine et insertion (plus poussée que dans la définition).
• « Structure et fonction » devient « Fonction » puisque la structure serait décrite dans la section « Description ».
  • Je ne comprends pas trop.
• Le paragraphe qui décrit des problématiques liées à ce muscle qui était auparavant dans « Structure et fonction » va dans « Présentation clinique ».
  • Il n'y a pas de section présentation clinique.
• Enlevé la section « Informations cliniques » parce qu’il existe déjà la section « Présentation clinique ».
  • Il n'y a pas de section présentation clinique.

Tout est mêlé là. Tel que discuté ci-dessous Antoine et Vanessa n'ont pas vraiment fait ce que leur avait demandé (appliquer cette structure à StatPearls). Il ne s'agissait pas ici de commenter la structure proposée pour le muscle.

Je ferme ce sujet et on en part un nouveau. pour le muscle individuellement.

Je crois que l'on s'est mal compris. Ce qu'il fallait faire, c'est tenter d'appliquer la structure ci-dessus (voir tableau) pour évaluer la manière dont elle s'appliquait aux pages importées de StatPearls.

Notez-bien que la première ligne du tableau s'applique à l'infobox et non aux sections.

Je vous ai rajouté les sections dans la page sur le fémur. Il s'agit de voir si ces sections sont adéquates pour une page de description d'un os.

Wow, ça commence à y ressembler! J'ai trois remarques: 1- j'ai l'impression que l'info contenue dans la section forme se dissocie difficilement de celle dans la section description. Par exemple, on utilise déjà les termes long os composé d'une tige cylindrique et d'une tête sphérique pour décrire le fémur, alors j'ai de la misère à imaginer ce qu'on mettra dans la section forme sans se répéter. On pourrait donc peut-être enlever forme. 2- pour la section composition, j'ai de la misère à imaginer ce qui va se retrouver dans les différentes pages d'os, je ne pense pas que la composition des os varient de façon individuelle, mais plutôt selon les différents groupes d'os. Je doute que d'en faire une section à part soit pertinent. 3- l'info qui se retrouve dans la section ostéocinematique peut selon moi entrer dans les catégories fonction et mécanique. Comme pour les deux remarques précédentes, on pourrait peut-être s'en passer? Sinon, c'est super. Je trouve que l'infobox est assez complète pour bien résumer ce qui est important de savoir sur l'os en question en un seul coup d'oeil.

Merci!

1. Pour la section description, il faut que le texte qui s'y trouve soit distribué dans les sections Formes, Axes et plans, Composition. Description est une section qui contient des sous-sections. J'ai distribué le contenu pour te donner un exemple.
2. Vu qu'il y a peu à dire sur la composition des os et qu'elle se répète, on pourrait simplement garder cette section facultative et laa remplir s'il y a des particularités?
3. Tu as raison, l'ostéocinématique peut rentrer dans fonction et mécanique.

Je vais créer la page d'ontologie pour les os.

Oh oui, je comprends mieux pour la section description! Bonne idée de garder la section composition facultative et d'enlever ostéocinématique.

Pour ce qui est de la page Trapèze, c'est vraiment bien. Je n'aurais rien à ajouter au corps du texte et aux sections présentes. Dans l'infobox, je mettrais Insertions, Fonction et Innervation. On pourrait aussi diviser Insertions en origine et terminaison, au choix.

@Antoine Mercier-Linteau. Est-ce que la version actuelle des classes ontologiques tiennent compte des commentaires de Vanessa et Antoine ? J'avoue que je m'y perds.

Pour l'os seulement. Les autres classes n'ont pas été touchées encore.

La structure sera testée sur des pages exemples de StatPearls.

@Isabelle Thibault, qu'en penses-tu ? Plus clair ?

oui....en tout cas, moi je trouve hahah@Michaël St-Gelais

@Antoine Mercier-Linteau ?

Plus clair effectivement. Cependant, plusieurs champs pourraient à mon avis se retrouver dans l'infobox, notamment ceux ne content qu'un mot ou un ancrage sémantique. Par exemple, les axes et plans, l'innervation, la vascularisation, bref, tout ce qui permet de faire des liens entre les structures.

Par la suite, ces concepts pourraient être élaborés textuellement dans les sections communes.

@Jppialasse, tu en penses quoi? Est-ce que l'on pourrait refaire fonctionner LinkedWiki pour aller chercher toutes ces informations depuis Wikidata?

possible, il faudrait voir a quel point wikimedia a refermé cela et a quelle point la dev va y passer du temps. le dernier bug que j'ai rapporté, elle a répondu plusieurs mois apres et je n'étais plus disponible pour faire le suivi en terme de temps. Je dirais si l'on veut quelque chose de fiable c'est aller chercher les info une fois sur wikidata puis les stocker en locale. pour le moment j'ai le lmcc1 dans 6 jours donc, relancez moi après.

Félicitations pour le LMCC ! :) Voici la relance !

Je trouve que ça fait du sens d'aller chercher l'information comme un « one shot deal ».

Que dis-tu de la structure à laquelle Isabelle et moi avons réfléchi ?

Il faut tenir de ce qu'on trouve sur Wikidata, mais aussi de ce que nous serions en mesure d'importer depuis STAT Pearls en terme d'anatomie (c'est vraiment bien sur STAT Pearls les descriptions anatomiques, mais c'est sous format texte, et non sémantique).

cela a de l'allure. Ce que je vous propose c'est de faire le test sur deux muscles et de voir le résultat - le trapèze peut être un bel exemple pour un muscle complexe https://www.wikidata.org/wiki/Q204113 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK518994/ - le coracobrachiale peut être un bel exemple de muscle simple uni articulaire.

L'idée est de vérifier par l'exemple.

Bonne idée ! Est-ce que c'est toi qui te charge de faire l'exemple ou si c'est nous ? Je veux juste être certain de comprendre :)