Quand on va dans « observation », ça nous permet de visualiser toutes les observations (ou concept). Si on en ouvre un en particulier en cliquant sur modifier, on voit :
Je regrouperais ça de manière simplifiée en un facteur de risque pour le genre, la région et le groupe d'âge. Il nous manquerait la classe ontologique du facteur de risque.
Bonne idée.
On fait quoi avec les trucs qui sont plus des éléments d'histoire, genre FOOSH (Fall on Outstretched Hand). On pourrait bien définir ça comme un facteur de risque, mais ils devront faire partie de la section questionnaire.
On pourrait étirer la définition de facteur de risque pour l'inclure. Ça ne peut pas être défini comme un symptôme, c'est clair. Le FOOSH est un facteur de risque de développer la maladie facture du radius, mais le FOOSH n'est pas toujours présente. Parfois, un trauma direct sur le poignet peut causer la fracture du radius. Les éléments que l'on va chercher au questionnaire, comme l'âge, l'origine ethnique, les voyages à l'international, le fait d'avoir bu de l'eau contaminée, sont clairement des facteurs de risque. On pourrait à la limite intégrer les facteurs de risque dans la section questionnaire.
Je suis dans l'ensemble d'accord, mais la section « facteurs de risque » dans la classe de maladie, il faudrait clarifier car elle va recouper ce qui irait dans histoire. Il y a aussi la section épidémiologie (genre 2F:1M, > 50 ans) qui va recouper ces éléments aussi.
On peut aussi dire que les facteurs de risques peuvent se retrouver dans Épidémiologie, Facteurs de risques et Histoire.
Ou on peut définir des balises propres à chaque section. Avec des redirections, c'est simple ensuite de tout afficher ça comme facteurs de risques dans les données sémantiques.
Dans nos pages de maladie, on a déjà la section « Facteurs de risque ». Le facteur de risque est déjà définie comme une propriété des pages de maladie. Alors au moment d'importer le contenu de Doknosis, j'organiserais ça pour que tout ce qui se trouvait dans gender, region, age group se retrouve automatiquement dans « Facteur de risque » sur les pages de maladie.
Si tu veux, on peut modifier la section 6 « Présentation clinique » pour qu'elle ressemble à ceci :
Je n'aurais pas tendance à dupliquer l'information dans plusieurs section à la fois.
Quand tu dis 2F:1H, c'est une donnée épidémiologique. Mais on peut ensuite dire qu'être un homme est un facteur de risque d'avoir la maladie dans la section suivante. Y'a aucune contradiction là-dedans à mon avis.
J'avoue que le fait d'être un homme est un facteur de risque. 2H:1F est un ratio et une donnée épidémiologique.
Et FOOSH? On pourrait tout simplement virer la section « Facteurs de risques » et tout mettre ça dans « Questionnaire ». Cette section définirait donc des propriétés Facteur de risque et Symptôme.
J'aurais vraiment tendance à séparer. Par exemple pour la STEMI, la section questionnaire aurait cet allure :
Et donc, ce serait la pagaille... Pour un lecteur, ce n'est pas vraiment agréable. Plus c'est séparé, mieux c'est. Si tu veux mettre les facteurs de risque dans la section questionnaire, ça va. Mais je garderais les facteurs de risque comme étant une sous-section de la section questionnaire, et je ne les mélangerais pas avec les symptômes.
Si on met les facteurs de risque et les symptômes ensemble, les gens ne prendront pas la peine de voir la distinction entre les deux.
Pour le FOOSH, il s'agit clairement d'un facteur de risque que l'on va chercher à l'histoire. Le FOOSH est un facteur de risque, comme le tabagisme, de diabète, et le cholestérol. Par exemple, trauma contondant et être sous ventilation mécanique sont des facteurs de risque de développer un pneumothorax. Ce ne sont pas des symptômes, mais ce sont des éléments à aller chercher au questionnaire.
Qu'en penses-tu ?
Ok donc, on déplace la section « Facteurs de risques » dans la section présentation clinique?
Je ne suis pas pour utiliser symptômes, on s'en servait au début et on l'a remplacé par questionnaire. Faudrait retourner voir dans nos discussions les raisons précises.
Présentation clinique
Je suis d'accord avec cette division. Dans ma réponse un peu plus haute, je disais symptômes, mais je voulais dire questionnaire :)
Plus ça va, moins je suis certain de Doknosis. Un des problèmes fondamental, c'est le fait qu'on ne connait pas la source pour chaque signe/symptôme/facteur de risque...Ça m'embête. Si des gens commencent à regarder attentivement la provenance des chiffres, ils vont trouver doknosis, qui ne donne pas vraiment ses sources... Ça sort de leur chapeau ? Quand je regarde dans l'étude d'origine, ça dit que ça vient d'UpToDate ou de Medscape... Mais quelle est leur source ? Ça dit aussi que lorsqu'il n'y a pas de donnée pour une valeur, ils y attribuaient une valeur en fonction de ce qu'on lit habituellement des textbooks. https://escholarship.org/uc/item/7ww0z28t
Si le suivi des sources avait été A1, ça l'aurait été génial, mais là, ça ne passe malheureusement pas le test de la crédibilité pour moi actuellement. On peut aussi se dire que ce n'est pas la fin du monde qu'on n'ait pas la source et qu'au besoin, les gens corrigeront la donner éventuellement.
Je crois que ce qu'il serait préférable de faire, c'est d'ajouter dans le modèle des signes, symptômes, facteurs de risque, complications (et autres) des champs facultatifs pour la sensibilité, la spécificité, la VPP, la VPN (et autres paramètres épidémiologiques), mais surtout un champ qui donne la source de ce que l'on avance. Comme ça, quand on tombera sur des données épidémiologiques fiables, on va pouvoir les ajouter au fur et à la mesure dans les données structurées.
Qu'en penses-tu @Antoine Mercier-Linteau ?
Je suis d'accord. Cela va de soit, toute donnée devra être bien sourcée. Je ne m'en fait pas trop avec Doknosis, car c'est en quelque sorte de la recherche originale. Ils sont les premiers à avoir fait une telle chose (en open source ...) Les papiers qu'ils ont publiés sur leur système ont été révisés par les pairs.
Le niveau de fiabilité me convient.
Ok donc tu voudrais toujours utiliser Doknosis dans ce contexte ? L'article a été révisé par les pairs, mais l'article ne mentionne pas par contre comment a été construite la base de donnée. Chaque valeur dans la base de donnée ne comporte pas une source pour retracer d'où vient chaque valeur.
Il faudra leur faire confiance. C'était justement le but de leur projet recherche d'inférer ces valeurs pour construire une base de données.
On peut leur faire confiance, mais cette information-là n'est pas traçable, donc ça mine énormément la crédibilité de Wikimedica du même coup. Si on le présente comme étant « une bonne base » et qu'on indique à quelque part que ce qui provient de Doknosis est à prendre avec un grain de sel, ça me va. Mais il faut absolument mentionner que ce qui vient de Doknosis devrait être remplacer ou sourcer éventuellement.
Ces éléments sont problématiques:
Pour les deux premiers, je proposerai qu'on les subdivise en signes cliniques (reliés à l'apparence et à la localisation), mais les problèmes:
Quoiqu'on pourrait appliquer le même poids pour chaque élément.
Pour l'arthrite, c'est peut-être plus pertinent d'avoir une page de classe de maladie. On en a discuté et ça peut rentrer dans les situations cliniques, mais ce n'est pas vraiment la manière dont les gens fonctionnent et ça va créer de la confusion.
Pour l'arthrite, ça peut être aussi perçu comme un signe clinique, car l'arthrite, ça se voit à l'examen physique en raison de la synovite +/- douleur. On pourrait aussi faire des éléments « involvement of the scalp, extensor surfaces, genitals, umbilicus, and lumbosacral and retroauricular regions » des modificateurs du premier élément. Ça va être comme ça souvent pour la dermato. Mais ça s'applique aussi pour la cardio, avec une douleur thoracique avec modificateurs (irr vers mâchoire, irr bras G, irr bras D, sensation de serrement, etc.).
Les maladies et classes de maladies peuvent servir de signes cliniques, de symptômes ou d'élément d'histoire. On peut les voir comme des regroupements de signes/symptômes. Plutôt que de dire rougeur, gonflement, douleur, c'est regroupé sous le terme arthrite.
Je suis d'accord avec toi pour les modificateurs.