Sujet sur Discussion Gestion:Ontologie

Résumé par Michaël St-Gelais

Voici la liste des différentes pages à jour.

  • Diagnostic
  • Questionnaire
  • Symptôme
  • Examen clinique (description des différents examens physiques en fonction du système)
  • Signe clinique (McBurney, Murphy, punch rénal, tachypnée, ronchis, sibilances, etc.)
  • Examen paraclinique (Glycémie capillaire, électrolytes sanguins, créatinine, FSC, radiographie pulmonaire, TDM cérébrale, etc.)
  • Signe paraclinique (« RXP : opacité réticulaire », « thrombocytose », « thrombocytopénie », « hyperglycémie »)
  • Spécialité
  • Situation clinique (oeil rouge, approche de la dyspnée, etc.)
  • Principe anatomique
    • Orientation
    • Repère
    • Mouvement
    • Région anatomique
    • Entité anatomique
      • Tissu
      • Muscle
      • Organe
      • Vaisseaux
        • artère
        • veine
        • lymphatique
      • Os
      • Articulation
      • Ligaments et annexes articulaires
      • Nerf
      • Cellule
    • Appareil (nécessaire ? ce serait par exemple une page pour appareil cardiovasculaire ? appareil neurologique ?)
    • Système
  • Protocole
  • Outil clinique
    • Calculateur médical
    • Outil diagnostic
    • Classification clinique
    • Protocole
  • Traitement
    • Procédure technique et chirurgicale
    • Traitement non pharmacologique
    • Traitement pharmacologique
      • Médicament
      • Classe de médicament
  • Pathogène
Antoine Mercier-Linteau (discussioncontributions)

Je crois que dans les débuts de Wikimedica, il faudrait simplifier l'ontologie au maximum de manière à simplifier le travail des éditeurs lorsque vient le temps de choisir une classe. Une fois que nos classes seront bien remplies et que nous disposeront d'experts pour chaque domaine, il sera indiqué de rajouter d'autres classes.

  • Maladie (Liste)
   • Signe (Liste)
       • Signe radiologique
       • Signe à l'ECG
       • Signe à la pathologie
   • Symptôme (Liste)
   • Spécialité (Liste)
   • Situation clinique (Liste)
   • Principe anatomique (Liste)
       • Orientation
       • Repère
       • Mouvement
       • Région anatomique (Liste)
       • Entité anatomique (Liste)
           • Tissu (Liste)
           • Muscle (Liste)
           • Organe
           • Vaisseaux
               • artère
               • veine
               • lymphatique
           • Os (Liste)
           • articulation
           • ligaments et annexes articulaires
           • Nerf
           • Cellule (Liste)
       • Appareil
       • Système
       • Réflexe
   • Outil clinique (Liste)
       • Calculateur médical (Liste)
       • Outil diagnostic (Liste)
       • Classification clinique (Liste)
       • Protocole
       • Investigation (Liste)
           • Donnée clinique (Liste)
           • Examen
           • Investigation pathologique
           • Imagerie
           • Électrophysiologie
           • Investigation biochimique
   • Traitement
       • Procédure chirurgicale
       • Traitement non-pharmacologique
           • Traitement physiothérapeutique
           • Thérapie
           • Traitement intégratif
       • Traitement pharmacologique
   • Pathogène
Antoine Mercier-Linteau (discussioncontributions)
Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

C'est la prochaine étape dans mon to do list

Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

Salut @Antoine Mercier-Linteau !

Voici ma révision. Voir les commentaires dans la liste.

  • Maladie ( Pour « maladie », on avait parlé d'un autre terme déjà. T'en rappelles-tu ? Quelque chose de plus général, qui pourrait englober à la fois ce qui est psy et ce qui est organique. Avait-on parlé de « affection » ou de « pathologies » ou de « diagnostic »? )
  • Questionnaire (ajout de ma part. Je crois que ça vaut la peine de faire une catégorie de page questionnaire, car les questionnaires propres à chaque spécialité sont plutôt spécifiques (ex. questionnaire gériatrique, rhumatologique, ophtalmologique, etc.). Ce serait un atout pour nos utilisateurs du pré-externat et de l'externat d'avoir une telle catégorie. On pourrait la nommer anamnèse également. Au choix ! )
    • Symptôme ( je mettrais symptôme comme étant une sous-catégorie de questionnaire.
  • Examen clinique (ajout de ma part pour les mêmes raisons. j'utilise « clinique » plutôt que « physique » pour permettre à la psy de bien s'intégrer)
    • Signe clinique (ça s'est pour ajouter tous les McBurney, Murphy, punch rénal de ce monde)
  • Examen paraclinique (« Se dit d'examens médicaux effectués en ayant recours à des appareils ou à des techniques de laboratoire.» Je crois que ça engloberait tout ce qui est radiologie et laboratoires. J'enlèverais donc la catégorie investigation plus loin.)
    • Signe paraclinique (Nouvelle catégorie. Permettrait des pages du genre « RXP : opacité réticulaire » ou même d'englober « thrombocytose » ou « thrombocytopénie » ou « hyperglycémie »)
  • Spécialité
  • Situation clinique (toujours pertinent. ça va permettre à certaines pages d'exister, comme oeil rouge, approche de la dyspnée, etc.)
  • Principe anatomique
    • Orientation
    • Repère
    • Mouvement
    • Région anatomique
    • Entité anatomique
      • Tissu
      • Muscle
      • Organe
      • Vaisseaux
        • artère
        • veine
        • lymphatique
      • Os
      • Articulation
      • Ligaments et annexes articulaires
      • Nerf
      • Cellule
    • Appareil (nécessaire ? ce serait par exemple une page pour appareil cardiovasculaire ? appareil neurologique ?)
    • Système (nécessaire ? )
    • Réflexe (nécessaire ? pour moi, un réflexe c'est un signe clinique à l'examen physique.)
  • Protocole
    • Protocole mérite sa catégorie à part. Ça peut être soit un protocole d'investigation ou de traitement, donc on ne peut pas le mettre ni dans l'une ou l'autre des catégories.
  • Outil clinique (j'ai enlevé plusieurs des sous-catégories ici. J'ai fait une catégorie à part avec protocole. Investigation peut être englobée dans examen paraclinique, donc je l'ai retiré. Pour donnée clinique, ça peut faire partie de signe paraclinique ou signe clinique. Pour classification clinique, calculateur, outil diagnostique, est-ce qu'on pourrait simplement englober ça sous outils cliniques ? )
  • Traitement
    • Procédure chirurgicale (est-ce qu'une infiltration du genou pourrait être englobé dans procédure chirurgicale ? moi, ça me va. Mais on pourrait aussi dire « procédures chirurgicale et technique ».)
    • Traitement non pharmacologique (ne prend pas de trait d'union)
    • Traitement pharmacologique
      • Médicament
      • Classe de médicament
  • Pathogène
Antoine Mercier-Linteau (discussioncontributions)

Plein de bonnes idées! J'irai par contre remettre beaucoup d'items dans la classe d'outil clinique:

  • Maladie (on avait pensé à « condition » mais c'est un anglicisme, peut-être affection donc?_)
  • ...
  • Symptôme
  • Signe
    • Signe paraclinique (inclus donnée clinique, signes à la RX, ECG, echo, etc.)
  • Outil clinique (classe englobante utilisée surtout pour la classification)
    • Calculateur médical (nécessaire pour imposer une structure, car très ces pages sont très incluses)
    • Outil diagnostic (nécessaire pour imposer une structure, car très ces pages sont très incluses)
    • Classification clinique (nécessaire pour imposer une structure, car très ces pages sont très incluses)
    • Protocole
    • Investigation
      • Examen clinique
        • Questionnaire
      • Examen paraclinique
  • ...

Les signes et de symptômes ne peuvent à mon avis pas être regroupés sous les catégories Questionnaires et examen clinique, car leur structure ne sont probablement pas identiques. Par exemple, un examen paraclinique possède des contre-indications tandis qu'un signe n'en a pas.

Dans cet organigramme, on parle de classes et de sous-classes et non de catégories et de sous-catégories. La différence entre l'une et l'autre est que la sous-classe doit hériter de la structure de sa classe parent. C'est une petit subtilité qui peut avoir une certaine influence.

Sinon:

  • Appareil: demande de JPP
  • Système: pour classer les signes et les symptômes
  • Réflexe: ça peut être des signes tu as raison
Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

Super ! Ça avance !

  • Maladie (« Affection » n'est pas si mal, mais je pense que c'est un mot un peu vieilli auquel les gens ne s'identifieront pas. Après réflexion, je crois que « diagnostic » est potentiellement le meilleur mot.)
  • Je comprends ce que tu veux dire par le fait que ce qui est inclus dans une sous-classe doit avoir la même structure que la classe supérieure. Ce faisant, il serait peut-être plus simple de mettre tous ces éléments au même niveau (comme ceci).
  • Questionnaire (ajout de ma part. Je crois que ça vaut la peine de faire une catégorie de page questionnaire, car les questionnaires propres à chaque spécialité sont plutôt spécifiques (ex. questionnaire gériatrique, rhumatologique, ophtalmologique, etc.). Ce serait un atout pour nos utilisateurs du pré-externat et de l'externat d'avoir une telle catégorie. On pourrait la nommer anamnèse également. Au choix ! )
    • Symptôme ( je mettrais symptôme comme étant une sous-catégorie de questionnaire.
  • Examen clinique (ajout de ma part pour les mêmes raisons. j'utilise « clinique » plutôt que « physique » pour permettre à la psy de bien s'intégrer)
  • Signe clinique (ça s'est pour ajouter tous les McBurney, Murphy, punch rénal de ce monde)
  • Examen paraclinique (« Se dit d'examens médicaux effectués en ayant recours à des appareils ou à des techniques de laboratoire.» Je crois que ça engloberait tout ce qui est radiologie et laboratoires. J'enlèverais donc la catégorie investigation plus loin.)
  • Signe paraclinique (Nouvelle catégorie. Permettrait des pages du genre « RXP : opacité réticulaire » ou même d'englober « thrombocytose » ou « thrombocytopénie » ou « hyperglycémie »)
  • Outil clinique
    • Pour investigation, examen clinique, questionnaire, examen paraclinique, je ne le mettrais pas comme sous-classe d'outil clinique, car ils ne possèdent pas la même structure.
    • Pour calculateur, je suis bien d'accord, mais je trouve qu'un calculateur et un outil diagnostique devrait avoir les mêmes sections et donc être regroupé sous un même nom. Pour moi, le calculateur de la clairance de la créatinine et le score de Wells doivent avoir les mêmes sous-classes. Par exemple, pour le score de Wells, il devrait y avoir l'utilisation aussi. Pour la clairance de la créatinine, c'est clair qu'il faut en mettre les utilisations aussi.
    • Pour « classification clinique », je suis d'accord.
  • Pour réflexe, j'en conclus qu'on le supprime.
  • Pour système, je comprends que c'est nécessaire pour la classification.
  • Pour appareil, on va laisser JPP élaborer sur le sujet.

Je vais faire un résumé de la discussion dès maintenant, comme ça on va pouvoir s'y référer pour la suite de la discussion.

Antoine Mercier-Linteau (discussioncontributions)

Ok! on a quelque chose de pas mal. Pourrais-tu me donner une idée de la structure que tu considère donner à la classe Questionnaire? Je ne vois pas en quoi symptôme pourrait en être une sous-classe.

Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

Questionnaire : aller chercher les aspects qui sont les plus importants dans chaque partie du questionnaire en fonction du sujet. Ça nous permettrait de faire des pages de questionnaire pour des plaintes spécifiques ex. questionnaire spécifique de la dyspnée, de la fatigue, de la douleur au genou, de la douleur au poignet, de la polyarthralgie, de la dysménorrhée, etc. Est-ce que ça fait du sens pour toi ?

Par contre, comme tu le mentionnes, le symptôme ne serait pas une sous-classe, mais une classe totalement différente. J'ai modifié le résumé pour en tenir compte.

Antoine Mercier-Linteau (discussioncontributions)

Parfait! On pourra cogiter la structure de la classe Questionnaire sur sa page dédiée.

Michaël St-Gelais (discussioncontributions)
Antoine Mercier-Linteau (discussioncontributions)

@Michaël St-Gelais, concernant les traitements, les solutés se retrouvent logiquement dans la catégorie « traitements pharmacologiques ». Cependant, est-ce que le nom est juste où il faudrait penser à un terme plus englobant?

Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

Je pense que personne ne sera fâché d'appeler des solutés des traitements pharmacologiques, car ce sont des traitements que l'on doit prescrire sur les feuilles de traitements pharmacologiques à l'hôpital.

Emmanuelle Paquette-Raynard (discussioncontributions)

Bonjour, Vous pourriez vous baser sur certaines encyclopédies médicales de renommée comme le Cecil ou le Gale. L'objectif serait donc d'avoir un référent solide. En ce qui concerne la traduction ou le choix des termes, je vous suggère l'utilisation du répertoire de vedettes-matières (RVM) fait par la bibliothèque de l'UL. Les MeSH, par exemple, sont traduis par le RVM. Ça permet d'avoir des termes normalisés, basés sur des sources solides.

Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

Je n'ai pas réussi à utiliser le RVM. Par ailleurs, nous ne cherchons pas à établir la table des matières des sujets à traiter, mais nous cherchons à définir les différents types de page qui doivent exister sur notre wiki.

Emmanuelle Paquette-Raynard (discussioncontributions)

Je ne propose pas les encyclopédies pour établir une table des matières, mais pour aider à définir et classer les pages que vous devez créer. Par exemple, dans l'introduction du Gale (qui au passage ne porte que sur disorders/conditions, tests/procedures et treatments/therapies, donc pas vraiment de principe anatomique) ils mentionnent que leurs articles comprennent pour Disorders/Condition : Definition, Description, Causes and Symptoms, Diagnosis, Treatment, Alternative treatment, Prognosis, Prevention, Resources, Key terms. Pour Tests/Treatments : Definition, Purpose, Precautions, Description, Preparation, Aftercare, Risks, Normal/Abnormal results, Resources, Key terms. Ceci dit, je comprends que Wikimedica vise à être une encyclopédie massive avec une portée plus large que le Gale ou le Cecil. Les solutions que je vous propose ne sont peut-être pas les bonnes. Mon intention était surtout de vous proposer de baser votre ontologie sur un document fiable, plutôt que sur vos connaissances. Attention, je tiens à préciser que je fais entièrement confiance en vos connaissances et compétences! Le problème est que la médecine est forcément une science en continuelle progression, que l'ontologie sera donc appelée à évoluer et que Wikimedica vivra au-delà de vous. Vos successeurs n'auront aucun référent pour faire évoluer l'ontologie si, à la base, elle vient de vos cerveaux. Bref, le choix vous revient, ce n'est qu'une suggestion! En ce qui concerne le RVM, c'est une ressource payante, accessible à la communauté universitaire. Vous pouvez passer par moi si vous cherchez un terme.

Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

Merci @Emmanuelle Paquette-Raynard ! Je n'avais pas vu ça du tout dans l'introduction. C'est hyper aidant ! C'est effectivement ce que nous cherchons.

Par contre, je déplace la conversation dans les pages qui concernent ces deux thématiques là. La conversation ici était seulement pour les catégories de page, et non pour ce que contiendrait chaque catégorie de page.

En sachant cela, que penses-tu des catégories de pages suivantes ?

  • Diagnostic (infarctus, AVC, etc.)
    • Le mot « maladie » est peut-être trop discriminatoire, surtout en ce qui a trait avec les problèmes mentaux. « Pathologie » est un terme ambiguë qui peut à la fois être ce qui se retrouve au microscope pour un pathologiste et à la fois une maladie. « Condition » est un anglicisme. D'autres suggestions ? C'est pour cette raison qu'on est revenu vers le typique « diagnostic ».
  • Questionnaire
    • Sur ces pages, nous énumérerons les questions spécifiques pour chaque spécialité.
  • Symptôme
    • Dyspnée, hémoptysie, hématurie, douleur thoracique, etc.
  • Examen clinique
    • Le choix de « examen clinique » était pour regrouper à la fois l'examen physique pour une pathologie standard et l'examen mental en psychiatrie.
  • Signe clinique (McBurney, Murphy, punch rénal, tachypnée, ronchis, sibilances, etc.)
    • Regroupe toutes les constatations qui peuvent être faites à l'examen physique du patient par le professionnel de la santé.
  • Examen paraclinique (Glycémie capillaire, électrolytes sanguins, créatinine, FSC, radiographie pulmonaire, TDM cérébrale, etc.)
    • Est-ce la bonne façon de les regrouper selon toi ? Le bonne façon de les nommer ?
  • Signe paraclinique
    • (« RXP : opacité réticulaire », « thrombocytose », « thrombocytopénie », « hyperglycémie »)
    • Bref, tout ce qui est une constatation du clinicien suite à un examen paraclinique (constatation qui ne peut se faire grâce à l'examen physique).
  • Spécialité
  • Situation clinique (oeil rouge, approche de la dyspnée, etc.)
Emmanuelle Paquette-Raynard (discussioncontributions)

Pour diagnostic, vous pourriez peut-être utiliser maladie/trouble. C'est ce qui est utilisé par l'OMS dans la "Classification internationale des maladies" (ICD-10, version française).

Antoine Mercier-Linteau (discussioncontributions)

@Emmanuelle Paquette-Raynard, le terme de maladie/trouble est juste dans la plupart des cas, mais nous voulons nous en distancer afin d'éviter l'étiquetage associé à ce terme et d'éventuelles critiques du public. Par exemple, la grossesse est du point de vue de la médecine traitée et prise en charge comme une maladie, tout comme la dysphorie de genre, la calvitie etc. Cependant, au niveau société, elles ne doivent pas être considérées comme telles.

Autrement, nous sommes tout à fait d'accord avec la nécessité de baser nos structures de pages sur des ressources connues. Nous ne comptons pas non plus les rendre immuables. Certaines parties sont facultatives et chaque page est libre de rajouter ses propres sections.

Merci pour ton aide!

Michaël St-Gelais (discussioncontributions)

@Antoine Mercier-Linteau, pour l'instant, je vais considérer cette discussion comme résolu et nous la réouvrirons PRN. On discutera des catégories de page lors de notre prochain CA pour être certain que tout le monde est d'accord avec cette classification.